צ'ילרים מקוררים במים משמשים לעתים קרובות גם לקירור מתקנים מכל הסוגים, מוצרי קירור ומכונות בין יישומים אחרים. מצננים מקוררים במים משמשים לרוב עם מגדל קירור או מערכת אדיאבטית. צ'ילרים מקוררים במים הם בדרך כלל קטנים יותר מצ'ילרים מקוררים באוויר ומסיבה זו ניתן להציב בתוך הבית בלי צורך רב באוורור. צ'ילרים מקוררים מים משמשים לרוב גם ביעילות רבה יותר באזורים בטמפרטורה גבוהה שכן הם מקוררים באמצעות מקור חיצוני.
